En esta sección, exploraremos las evidencias que se usan para reconstruir esta historia. Las fuentes de evidencia de la evolución provienen de: Evidencia fósil y estados de carácter intermedios. La distribución en el tiempo y en el espacio. Las homologías. La biología del desarrollo. Las jerarquías anidadas.. Evolución de los peces. La evolución de los peces desde el pez regazo a los peces con aletas es un proceso largo e complicado. Un paso en esta evolución implica el cambio en la función de las branquias. Los cordados invertebrados utilizan sus branquias para filtrar los alimentos fuera del agua, no para absorber oxígeno.

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La evidencia de la evolución a gran escala ( macroevolución) proviene de estudios de anatomía y embriología, biología molecular, biogeografía y fósiles. Las semejanzas anatómicas encontradas en diferentes especies pueden ser homólogas (que se comparten por ancestría) o análogas (que se comparten por presiones de selección similares.. El celacanto es un pez prehistórico que vivió antes de los dinosaurios y aunque su apariencia es idéntica a la de hace millones de años, su información genética cuenta otra historia. En las costas de Sudáfrica, el avistamiento un ejemplar vivo cuya especie data de hace 65 millones de años dio nueva luz sobre la vida en la Prehistoria.